Na fase de grupos, o São Paulo estreou com um empate por 3 a 3 diante do The Strongest, da Bolívia. Logo após, derrotou a Universidad de Chile por 4 a 2 e empatou em 1 a 1 com o Quilmes. Com cinco pontos somados, o Tricolor foi para o returno e venceu o Quilmes por 3 a 1, empatou com a Universidad de Chile em 1 a 1 e derrotou o The Strongest por 3 a 0. 

Dessa forma, a equipe se classificou para as oitavas de final da competição na primeira colocação e logo de cara, enfrentou o rival Palmeiras. O primeiro jogo foi no Parque Antártica e terminou 1 a 0 para o Tricolor com um golaço marcado por Cicinho, de fora da área. A volta, no Morumbi, foi um jogo emocionante. A partida estava tensa, até que aos 34 do segundo tempo, o juiz marcou pênalti para o São Paulo, Rogério Ceni bateu e converteu. Nos acréscimos, Cicinho, de falta, marcou o segundo e colocou o Tricolor nas quartas.

Na primeira partida das quartas de final o Tricolor não teve pena do Tigres e venceu por 4 a 0 no Morumbi. Os gols foram marcados por: Rogério Ceni (2), Luizão e Souza. Na volta, o São Paulo foi derrotado por 2 a 1, mas o agregado ficou em 5 a 2 e o Soberano avançou às semis. Na semifinal, o Clube enfrentou um gigante da américa: River Plate. A partida no Morumbi começou em um jogo típico de Libertadores, com muitas faltas. Mas o placar só foi abrir no segundo tempo, de fora da área, Danilo acertou um belo chute e fez 1 a 0 para o São Paulo. Logo após, de pênalti, Ceni ampliou. Dessa forma, o São Paulo foi até a argentina podendo perder por um gol, mas fez bonito. Derrotou o River por 3 a 2, com gols marcados por Danilo, Amoroso e Fabão, e se classificou para a final.

O adversário da final foi o Atlético Paranaense, com o primeiro jogo sendo realizado no Beira-Rio, que terminou empatado em 1 a 1. A volta no Morumbi foi um dia mágico para os são paulinos. No primeiro tempo, de cabeça, Amoroso abriu o placar e explodiu o Morumbi. Mas no fim da primeira etapa, o juiz marcou pênalti para o Athletico e deixou os são paulinos apreensivos. Porém, Fabrício mandou na trave e a segunda etapa foi de apenas alegria. Logo no início, Fabão marcou o segundo, Luizão ampliou em seguida e Tardelli fechou a goleada. O São Paulo venceu por 4 a 0 e se sagrou o primeiro brasileiro tricampeão da Libertadores.